Agenţia Naţională de Administrare Fiscală a constatat mai multe deficienţe în activitatea Loteriei Romane, precum scăderea cotei de piaţă şi plăţi salariale necuvenite, în urma unui control care a vizat perioada 2003-2006. Raportul de control a fost înaintat către DNA. Conform ANAF, cota de piaţă a Loteriei s-a redus după 2004 din cauza restrangerii reţelei de vanzare şi mandatare care reprezintă, în prezent, numai 64% din numărul existent în 2003. Reducerea cotei de piaţă a determinat, implicit, o scădere a veniturilor şi a profitului companiei. De asemenea, controlul a scos la iveală că bugetele de venituri şi cheltuieli, precum şi indicatorii de performanţă au fost fundamentaţi eronat în perioada 2003-2005. Pentru a putea să încaseze drepturi salariale mai mari, cei din conducerea Loteriei au recurs la o şmecherie financiară. Previziunile pentru veniturile Loteriei erau mult subevaluate, astfel că, la sfarşitul fiecărui an, directorii se puteau mandri cu "depăşirea planului". Acest lucru le-a permis să-şi acorde prime mai mari decat cele cuvenite. Cel mai mare "tun" a fost dat în 2004, cand profitul brut anual a fost cu 453 la sută mai mare decat cel previzionat. Prin urmare, directorul general a luat 11,79 miliarde lei vechi , în perioada 2003-2005, din care 7,59 miliarde lei vechi au fost sporuri, indemnizaţii, prime şi stimulente , iar 4,20 miliarde lei vechi au reprezentat cota la fondul de participare a salariaţilor la profitul companiei. De asemenea, membrii Adunării Generale a Acţionarilor au încasat 1,25 miliarde de lei vechi, membrii Consiliului de Administraţie au primit un miliard de lei vechi, iar cenzorii, 100 milioane de lei vechi. ANAF a găsit nereguli şi după 1 iulie 2006 în modul de comercializare a lozurilor, întrucat valoarea serviciilor prestate de unii agenţi economici parteneri nu a fost determinată la încheierea contractelor. Din acest motiv, bugetul de stat a fost păgubit cu circa 430 miliarde de lei vechi, reprezentand TVA datorată de către prestatorul serviciilor.