Trupele speciale ale armatei americane dislocate în zonele de conflict au desfăşurat misiuni împotriva statelor aliate SUA şi au intrat adesea în conflict cu agenţii CIA. Dezvăluirea, şocantă, aparţine unor oficiali americani, citaţi de "The Los Angeles Times". Aceste disfuncţionalităţi au determinat Agenţia centrală de informaţii şi Pentagonul să adopte o serie de reguli mult mai stricte pentru militarii implicaţi în operaţiuni de spionaj, susţin surse avizate din serviciile americane de securitate şi armată. Misiunile de spionaj fac parte dintr-un program secret de identificare a reţelelor teroriste şi capturare sau anihilare a membrilor acestora în regiuni precum Cornul Africii, unde guvernele instabile sunt incapabile să facă faţă acestui tip de ameninţări. Această iniţiativă a Pentagonului a dus însă la o serie de incidente stanjenitoare pentru Statele Unite, printre care un schimb de focuri în Paraguay sau expunerea unei operaţiuni secrete din Africa de Est, potrivit unor foşti oficiali de la Washington. Agenţia se plange de lipsă de comunicare Unii oficiali din serviciile de informaţii s-au plans că militarii au lansat operaţiuni fără a informa CIA, periclitandu-le pe cele existente deja. După 11 septembrie, administraţia Bush a autorizat ca şi Beretele verzi, SEALS, şi alte unităţi de elită ale armatei să fie folosite în lupta împotriva terorismului. În acelaşi timp, Rumsfeld, care nu avea suficientă încredere în CIA, a dat o mai mare importanţă operaţiunilor speciale ale Pentagonului. S-a mers pană acolo încat echipe restranse ale forţelor speciale să fie deplasate pe langă ambasadele SUA din străinătate. Membrii acestor echipe s-au antrenat special pentru misiuni de spionaj. Noul şef al armatei nu vede cu ochi buni acest program Acest program va fi atent supravegheat de succesorul lui Rumsfeld, Robert Gates , care a criticat extinderea operaţiunilor militare de spionaj. Mulţi oficiali din cadrul Agenţiei şi ai Pentagonului susţin însă programul şi au declarat că îi vor recomanda lui Gates să îl menţină activ, dar au recunoscut că dependenţa tot mai mare a Statelor Unite de asemenea unităţi militare speciale prezintă un risc. "Suntem în război şi, sincer, avem nevoie de tot sprijinul de care putem dispune", a declarat generalul maior Michael Ennis, un oficial din cadrul CIA care se ocupă de coordonarea operaţiunilor de spionaj derulate de armată. Bush vrea suplimentarea trupelor în Bagdad, democraţii spun "nu" Preşedintele SUA, George W.Bush, le-a cerut strategilor Statului Major Interarme şi experţilor în buget ai Casei Albe să-i prezinte un studiu de fezabilitate , cu mai multe opţiuni, în vederea întăririi contingentului american din Irak, care ar presupune desfăşurarea altor 50.000 de soldaţi. Imediat democraţii au reacţionat, afirmand că nici nu se pune problema unei astfel de soluţii. Printre cei mai vehemenţi au fost Harry Reid, liderul democraţilor din Senat, senatorul de Massachusetts, Edward Kennedy, şi fostul secretar de stat Colin Powell . Chiar şi comandantul trupelor americane din Irak, generalul George Casey, a insistat mai degrabă asupra unei mai bune şi mai rapide pregătiri a forţelor de securitate irakiene, cărora să le transfere cat mai curand posibil responsabilitatea securităţii ţării lor.