Desi unele aplicatii renumite nu se regasesc pe lista de certificare a celor de la Microsoft, acestea pot rula fara probleme in Windows Vista . Este cazul produselor oferite de Symantec, Adobe Systems, Apple si IBM care nu sunt incluse in cele 800 de aplicatii care au primit „stampila” de „Certified for Windows Vista" sau "Works with Windows Vista". Cu toate acestea, reprezentantii Microsoft sustin ca ele se afla deja in teste pentru a putea primi nota de trecere. Oficialii companiilor lasate pe dinafara de Microsoft nu sunt prea suparati si spun ca e vorba doar de birocratie si ca se va rezolva in scurt timp. Cei de la Symantec dau exemplul programelor Norton 360, Norton Antivirus si Norton Internet Security care sunt compatibile cu Vista dar nu au primit inca certificatele respective. Pe de alta parte insa, exista si cazul unor produse precum iTunes de la Apple sau Lotus Notes de la IBM care nu sunt compatibile 100% cu Vista.